تشكل الأمور القضائية والجهة التي تعمل على التحقيق مع المتهمين، سواء كانوا مدنيين أم من عناصر الفصائل المسلحة، واعتقالهم وتطبيق العقوبات بحقهم، الهاجس الأكبر في المناطق التي تسيطر عليها فصائل المعارضة. وبشكل عام يمكن القول إن كل المناطق التي خرجت عن سيطرة قوات النظام تشهد فوضى عارمة في هذا الخصوص، نتيجة لكثرة المحاكم الشرعية في المنطقة الواحدة، والتي تتبع كل منها لفصيل معين، ويتم اتخاذ الأحكام فيها وفقاً لمصالح هذا الفصيل ومن قبل “شرعيين” تمت تزكيتهم من قبل الفصيل نفسه، ليبقى المدنيون وحدهم من يتم تطبيق الأحكام، الصارمة غالباً، بحقهم، دون وجود جهة قادرة على ضبط هذه الأحكام، وفي غياب وجود أية محكمة مدنية في هذه المناطق.
